В консоли используйте команду

sudo dpkg-reconfigure tzdata

и выберите необходимую страну и город из списка

После выбора введите команды для перезагрузки сервера
service nginx reload
service nginx restart

Проверить правильность можно командой
date

Время также меняется и в логах сервера

nginx, date, time, utc, europe, moscpw, putty, время, часовой пояс, москва, дата, сервер, настройки